Имена игумений Ростовского Рождественского девичьего монастыря первых двух с половиной веков сегодня неизвестны. Лишь начиная с 1632 года история сохранила имена настоятельниц Ростовского девичьего монастыря. Среди игумений были выдающиеся монахини, запомнившиеся в истории обители благочестивой жизнью и особым радением об улучшении устройства монастыря, дома Пресвятой Богородицы.
Мария, упоминается под 1632 годом.
Параскева, упоминается под 1653 годом.
Марфа, упоминается под 1659 годом.
Ираида, упоминается под 1667 годом.
Наталия (Тяпкина), 1682–1722. Ее имя упомянул в своей книге «Розыск о брянской вере» святитель Димитрий Ростовский, ее знали великие государи Иоанн и Петр Алексеевичи. Во время ее управления обителью, в 1680-е годы, был построен каменный собор Рождества Пресвятой Богородицы, в 1715 году собор был расписан. Монахинь при игумении Наталии было 90 человек. Матушка Наталия в 1684 году обращалась к великим государям Иоанну и Петру Алексеевичам с прошением о расширении территории монастыря и получила от них жалованную грамоту. Скончалась матушка Наталия 20 июля 1723 года схимницей и погребена в стенах обители, которой посвятила всю жизнь.
Досифея (Щербакова), ок. 1721 — 1725. В миру Домна Дионисьевна Щербакова (1687 — 1725), дочь московского иконописца Дионисия Ильича Щербакова. Монашеский постриг приняла в 15 лет, в августе 1702 года в Ростовском Рождественском монастыре, послушание — клиросное.
Мастридия (Тихменева), наместница, 1725–1728.
Христофора, 1728–1731. 22 июля 1732 года переведена настоятельницей в Троицкий, что на Бору, девичий монастырь, расположенный рядом с Борисо-Глебским монастырем в Ростовском уезде.
Ирина (Татарова), наместница, 1732–1733.
Есфирь, наместница, 1733 — 1736. В миру Евдокия Гавриловна Золотилова (год рождения — 1682), дочь помещика Романовского уезда. Монашеский постриг приняла в 1709 году в Рождественской обители, послушание — золотошвея. В 1736 году была разжалована в рядовые старицы.
Евдоксия, 1736 — 1754. В миру Екатерина (год рождения — 1681). Дочь крестьянина села Ильинское Ростовского уезда. В монашество пострижена в феврале 1702 года в Рождественском монастыре. Пела на клиросе. В сан игумении возведена в 1736 году и управляла монастырем в течение 18 лет. По ее просьбе с 1742 года ежегодно совершался крестный ход с чудотворной Тихвинской иконой Божией Матери в Ярославль.
Измарагда, 1754 — 1779. В миру Ирина Яковлевна Володимирцева (родилась в апреле 1705 года в Ростове), дочь певчего Ростовского архиерейского дома. Пострижена в Рождественской обители в июне 1732 года, послушание — клиросное.
Августа, 1779–1794. Произведена в игумении из монахинь Рождественского монастыря 31 октября 1779 года, по ее прошению в августе 1794 года уволена с должности.
Назарета, 1794–1808. В игумении Рождественского монастыря произведена в августе 1794 года из монахинь Московского Вознесенского монастыря. По ее прошению уволена от должности в марте месяце 1808 года и переведена в Московскую епархию.
Павла I (Шатилова), 1809 — 1848. В миру Прасковья Яковлевна Шатилова (1765 — 1849), из рода дворян Шатиловых. В течение двадцати двух лет она подвизалась в разных монастырях, прежде чем архиепископом Антонием была переведена в Ростовский Богородице-Рождественский монастырь, где через год, в 1809 году, была пострижена в монашество и менее чем через месяц возведена в сан игумении. За сорок лет своего игуменства матушка Павла много сил положила на благоустроение и благоукрашение обители: была построена колокольня, два двухэтажных гостиных дома, надстроен второй этаж над келлиями. Но главным делом ее жизни было возведение в обители церкви в честь Тихвинской иконы Божией Матери. Современники игумении Павлы отмечали исключительную строгость и порядок, царившие в обители в те годы. Награждена наперсным крестом. В мае 1848 года по своему прошению уволена с пенсией 28 рублей 59 копеек серебром. 15 июня 1849 года в глубокой старости скончалась и погребена в Рождественском монастыре.
Павла II (Дьяконова, 1848 — 1869). В миру Прасковья Ивановна, мещанская дочь из города Мологи. С детских лет воспитывалась в келлии своей предшественницы игумении Павлы Шатиловой сначала в Мологском Афанасьевском монастыре, а затем в Ростовской Рождественской обители, где в 32 года была пострижена в монашество. Через четыре года была определена на должность казначеи (по важности в жизни и деятельности монастыря эта должность была второй после должности игумении). 23 мая 1848 года была произведена в игумении. В игуменство матушки Павлы II при Рождественской обители была открыта школа грамоты для девочек из бедных семей.
Амфилохия (Политковская), 1869 — 1872. В миру Прасковья Алексеевна Политковская (1805 — 1888), дочь причетника. Воспитывалась и обучалась в ярославском Казанском девичьем монастыре. В 1830 году была определена в число послушниц, а 15 августа 1850 года пострижена в монашество. В течение 19 лет ее послушанием было пение на клиросе в Казанском монастыре. 19 июня 1869 года возведена в сан игумении Рождественской обители; 22 января 1872 года перемещена на покой в ярославский Казанский монастырь.
Антония (Щепетильникова), 1872 — 1880. В миру Анна Ивановна (1828 — 1880) была дочерью купца, потомственного почетного гражданина Ярославля Иоанна Горшкова. Анна Иоанновна рано овдовела и с тремя детьми вернулась в родительский дом. В возрасте 35 лет Анна поступила в Рождественский монастырь. В 1872 году пострижена в монашество с именем Антония и назначена казначеей монастыря. В том же году в обители открылось вакантное местно настоятельницы, и сестры единогласно представили владыке кандидатуру Антонии. 30 августа 1872 года матушка Антония была возведена в сан игумении. За годы ее настоятельства были отремонтированы верхний летний Рождественский собор и нижний храм во имя Алексия, человека Божия, с устройством общей трапезы для сестер обители, а двухэтажный корпус вновь был переделан под жилые келлии. Тихвинский храм был украшен стенной живописью. Из главного настоятельского корпуса к летнему и зимнему храмам были устроены на каменных столбах глухие переходы со стеклянными окнами. Был построен новый двухэтажный корпус, в котором устроено двенадцать келлий, вмещавших более пятидесяти сестер. Для монастырского духовенства (двух священников, дьякона и псаломщика) были куплены в собственность монастыря четыре деревянных дома. В обители по штату было положено 15 монахинь (помимо игумении и казначеи), матушка игумения внесла капитал на вечные времена еще на шесть сверхштатных монахинь. Во время управления обителью игуменией Антонией в монастыре проживало 170 сестер. Согласно их способностям все были разделены на разряды послушания: одни были певчими и приучаемые к пению (хор сестер Рождественской обители во все времена славился в епархии своим пением), другие занимались вышиванием, шитьем, третьи украшали иконы (фольгою, апплике, в серебро). По единодушному желанию всех сестер тело игумении Антонии погребено против алтаря Рождественского собора.
Мария (Чистова), 1880 — 1907. В миру Ольга Егоровна Чистова (1832 — 1907). Родилась в Ростове, в мещанской семье. Овдовев, отец отдал ее на воспитание в Ростовский Рождественский монастырь, когда ей не было пяти лет, а сам 27 февраля 1837 года принял монашеский постриг с именем Геннадий в Ростовском Богоявленском Авраамиевом монастыре (позднее был игуменом Пошехонской Исаакиевской пустыни). В монастыре девочка обучалась чтению, пению, письму и рукоделию. Ольга рано начала петь на клиросе. В 1858 году она была определена послушницей в монастырь, где проходила клиросное послушание. 24 мая 1876 года Ольга приняла монашеский постриг с именем Мария. С 8 марта 1879 года была определена на должность казначеи. По единодушному представлению сестер обители 29 октября 1880 года была возведена в сан игумении. Награждена наперсным крестом. В 1891 году за устройство помещения для Рождественской церковно-приходской школы утверждена попечительницей этой школы. Погребена за алтарем Рождественского собора.
Августа, 1907–1926 (?). Год рождения 1843. Назначена из монахинь Рождественской обители. Чин возведения монахини Августы в сан игумении был совершен в Тихвинской церкви архиепископом Ярославским и Ростовским Тихоном (Беллавиным, 1907–1913), будущим патриархом Московским и всея Руси. Она продолжала благоустройство обители на средства благотворителей. В годы ее управления обителью были проведены электричество и водопровод. Игумения была попечительницей церковно-приходской школы при Рождественской обители. На свои средства она покупала школьные пособия и другие необходимые вещи для бесплатной раздачи детям бедных родителей. Награждена золотым крестом.
Павла (Капитонова), 1997 — 2011. В миру Татьяна Ивановна Капитонова, родилась 12 ноября 1946 года. В 1993 году пришла послушницей в Свято-Введенский Толгский монастырь. В 1994 году пострижена в иночество с именем Неофита, в 1997 году переведена настоятельницей в только что открывшийся Рождественский женский монастырь в Ростове. Тогда же инокиня Неофита приняла монашеский постриг с именем Павла, в честь апостола Павла, в 2001 году возведена в сан игумении. 30 мая 2011 года освобождена от обязанностей настоятельницы.