Обитель в честь Рождества Пресвятой Богородицы была основана святителем Феодором в 1394 году в самом центре Ростова Великого в 200 метрах от Архиерейского дома (Кремля). Примечательно, что до основания Рождественской женской обители все существовавшие в то время ростовские монастыри были мужские, в последующие века в городе строили тоже только мужские обители. Лишь в 2003 году в Ростове появилась вторая женская обитель, обосновавшаяся в стенах Богоявленского Авраамиева монастыря.
Рождественский монастырь по территории невелик, но в нем к началу XX века было семь престолов, что свидетельствует о высоком молитвенном духе, царившем в этом святом месте.
Время не сохранило сведений об истории первых двух веков Рождественского монастыря. Основанная архиепископом Ростовским Феодором обитель не раз приписывалась к Ростовскому архиерейскому дому и состояла на его содержании. Все события, происходившие в истории Архиерейского дома, епископской кафедры, равно как и всего города в целом, прямо или косвенно касались и Рождественской девичьей обители. Сестры одними из первых узнавали о произошедших событиях и молитвенно участвовали в них.
Первое известное описание Ростовской обители Рождества Пресвятой Богородицы относится ко второй половине XVII века. В то время в ней были две церкви: собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы и теплый храм, название престола которого сегодня неизвестно. В монастыре была игуменская келлия и восемь келлий сестринских. Рядом с теплой церковью находился скотный двор. Сено и солома для лошадей и коров хранились под папертью соборной церкви. Позади соборной церкви был разбит небольшой сад и огород. Монастырь был огорожен деревянной оградой.
Обитель находится в центре города, плотно обступающего ее со всех сторон, не оставляя ни малейшей возможности для расширения ее территории. Поэтому с увеличением количества сестер на месте стен монастыря, первоначально деревянных, а затем каменных, были построены каменные келейные корпуса. Они-то и стали своеобразным ограждением обители в ХVIII-ХХ веках.
Вторая половина XVII века знаменательна для истории обители тем, что в ней был построен каменный собор Рождества Пресвятой Богородицы, который и по сегодняшний день является одним из красивейших храмов Ростова. Второе известное описание монастыря было составлено 11 июня 1702 года по указу великого государя Петра Алексеевича и по наказу стольника Василия Романовича Воейкова сыном боярским Иваном Паниным: «В Ростове, внутри города Рождественский девич монастырь; а в нем церковь Рождества Богородицы — каменная с приделом, крыта тесом, главы обиты чешуею зеленою, кресты железные. В церкви Божией иконостас гладкой, золочен. В трапезе печь ценинная. Придел Космы и Дамиана. Длина церкви осмнадцать сажен, ширина восемь сажен. На колокольне пять колоколов. Под церковью хлебня, да три палатки. На монастыре шестнадцать келлий, крыты под одну кровлю тесом. На монастыре ж за церковью два сушила да погреб деревянные, да делают новую столовую деревянную. На монастыре пруд обрублен. Ограда деревянная, рублена клетки, крыта тесом, четыре башни. За монастырем двор скотный. На том дворе две избы, да сушило стойлами, два сарая».
Замечательным событием в истории обители современники считали посещение ее вдовствующей императрицей Марией Феодоровной (1759–1828), супругой императора Павла 1.
Графиня Анна Алексеевна Орлова-Чесменская (1785–1848) во время своих частых приездов в Ростов всегда посещала Богородице-Рождественскую обитель. С первого посещения Ростовского Иаковлевского монастыря в 1807 году духовником графини стал старец Спасо-Иаковлевского Димитриева монастыря иеромонах Амфилохий, поэтому Анна Алексеевна в Ростове бывала часто.
Правящие архиереи тоже любили и часто посещали обитель Пресвятой Богородицы. Архиепископ Ярославский и Ростовский Ионафан посетил обитель летом 1882 года. При встрече с насельницами монастыря он сказал теплые слова в их адрес: «Дух благопокорности и взаимной услужливости да сопутствует вам в делах и начинаниях ваших. Сестрам, составляющим духовную общину, более всего должно избегать вражды между собою и неприязни, при которых невозможно возрастание в духовной жизни. Молитвою к Богу стяжите дух мирный и не позволяйте себе и малейшей доли своеволия и произвола; тогда вы по истине явитесь шествующими путем Христовым».
19 июля 1894 года обитель Рождества Пресвятой Богородицы посетил отец Иоанн Кронштадтский. Он прибыл в Ростов для поклонения Ростовским чудотворцам в час ночи. Не желая никого беспокоить, отец Иоанн до утра оставался в вагоне на вокзале. В семь часов утра он вместе с протоиереем Успенского собора отцом Александром, в сослужении соборного духовенства и при огромном стечении народа, совершил воскресную Божественную литургию в ростовском Успенском соборе. В женской обители Рождества Пресвятой Богородицы он поклонился чудотворному образу Тихвинской иконы Божией Матери.
Священником ростовского Рождественского монастыря в течение 45 лет был отец Аристарх Израилев (1841–1886).
Он являлся крупнейшим исследователем колоколов соборной звонницы и ростовских звонов. Одаренный тонким музыкальным слухом, игравший на фортепьяно и народных инструментах, он всю жизнь занимался изучением звучащего колокола.
С двадцати пяти лет живя в Ростове, он каждый день слышал перезвоны тридцати колоколен города. Отец Аристарх захотел исследовать саму природу музыкального звука колокола. Он изучил все 13 колоколов соборной звонницы, описал и положил на ноты звоны. Для акустических исследований отец Аристарх на основе эталонного камертона сам изготовил серию камертонов. Эти камертоны были высоко оценены: в Москве на Политехнической выставке в 1872 году он получил Почетный адрес, в Вене в 1873 году — медаль. В Вене была представлена группа (первая серия) камертонов, настроенных на колокола ростовской звонницы. В 1876 году в Филадельфии отец Аристарх получил медаль и диплом, в 1879 году в Париже — медаль Парижской Национальной академии, в 1882 году в Москве, на Международной выставке — диплом. Ознакомившись с научной деятельностью отца Аристарха, отделение физики Московского общества любителей естествознания, антропологии и этнографии в 1882 году избрало его действительным членом. Ростов хранит память об отце Аристархе. Именно благодаря его нотным записям были возобновлены колокольные звоны в 1987 году.
За пять веков существования Рождественской женской обители ее содержание было разным и зависело от экономического состояния государства. Известно, что в 1653 году от царя Алексея Михайловича игумении и двадцати пяти старицам было положено жалование по восемь рублей в год. Цари Иоанн и Петр Алексеевичи в разное время пожаловали монастырю земельные угодья, в числе которых был и остров на озере Неро. Кроме того, обитель получала доход от сдачи в аренду двух каменных домов в Ростове, а также от аренды земель, мельницы и двух рыболовных озер. Главным средством содержания сестер были их занятия рукоделием. Многие насельницы занимались шитьем, белошвейным и золотным, вышивали по канве, гладью разноцветными шерстяными нитями, шелковыми. В обители можно было приобрести целое приданое. Монастырские рукодельницы вышивали ткани для украшения церковных предметов. При монастыре был приют для девочек-сирот, которых монахини обучали рукоделию.
Церковно-приходская школа при Рождественской обители была одной из старейших не только в Ростове, но и в уезде. Открытая в 1852 году как школа грамотности для девочек из бедных семей, в 1885 она была преобразована в церковно-приходскую школу. Почти пятьдесят лет школа не имела своего здания, а размещалась на «квартирах». В 1903 году на средства Рождественской обители на городской земле было построено рядом с монастырем здание школы (сейчас в этом здании находится бюро записи актов гражданского состояния).
Школа содержалась за счет монастыря. Здесь была хорошая библиотека. Игумении являлись попечительницами школы, они покупали школьные пособия и материалы на свои деньги. Школа была небольшая, поэтому атмосфера в ней была почти домашняя. В 1914/15 учебном году Рождественскую школу закончили 14 девочек.
Жизнь Рождественского монастыря отличалась особым покоем и размеренностью, несмотря на то, что расположен он был в самом центре крупного города. Молитвенную жизнь в обители не смогли сокрушить никакие бедствия, которых немало было в истории Ростова.
В 1926 году монастырь в честь Рождества Пресвятой Богородицы в Ростове был закрыт. В Тихвинской церкви расположилась библиотека. Рождественский собор передали Ростовскому музею, позднее здесь располагался городской архив, но ввиду аварийного состояния здания в 1989 году архив срочно перевели в другое место. Находившееся на балансе Ростовского музея аварийное здание из-за полной заброшенности его пришло в плачевное состояние, и возникла серьезная угроза его падения. В 1960-е годы была разобрана колокольня собора, лишилась своих куполов Тихвинская церковь, келлии обители были обращены в квартиры для городских жителей.
Документы о судьбе сестер Рождественского монастыря сегодня не известны, но в Ростове сохранились устные предания о трудной, но благочестивой жизни некоторых оставшихся в городе монахинь. Большинство же сестер обители, без сомнения, пополнили сонм новомучеников и исповедников Российских и в Небесных обителях молятся у Престола Вседержителя за свою земную обитель — монастырь Рождества Пресвятой Богородицы.